La historia de esta maestría se remonta al 27 de septiembre del año 2004 cuando fue creada mediante el acuerdo 050 del honorable Consejo Superior Universitario, en el año 2007 se abre la primera cohorte; consecuentemente, hasta el año 2022 Siete han sido el número de cohortes activas en el programa. A lo largo de los años, la Maestría en Ciencias Ambientales ha graduado a 30 Magíster, que han contribuido de manera significativa a la gestión y conservación del medio ambiente en la región y el país. Sus egresados se desempeñan en diferentes áreas, como la investigación, la educación ambiental, el manejo de áreas protegidas, la evaluación de impacto ambiental, entre otras.