Luego para el 2009 y el 2011 se obtuvieron los registros calificados de los programas de Doctorado en Medicina Tropical y Ciencias Físicas respectivamente, renovados en el año 2017. Después, el Ministerio de Educación Nacional emitió la Resolución No 03666 de 26 de febrero de 2016 «Por la cual se reglamenta el Sistema de Universidades del Estado» y específicamente en el Capítulo III Articulo 17 organiza los Capítulos Regionales y Distritales, quedando el SUE Caribe conformado de la siguiente manera:

Universidad Atlántico, Universidad de Cartagena, Universidad Popular del Cesar, Universidad de Córdoba, Universidad de La Guajira, Universidad de Magdalena, Universidad de Sucre, Universidad Tecnológica del Chocó.