A lo largo de los años de funcionamiento del programa, se han propuesto ajustes y actualizaciones del plan de estudios, proyecto educativo, perfiles y propósitos de formación, con el fin de contextualizar el programa con los cambios en el conocimiento disciplinar, proporcionando las herramientas para que el estudiante y futuro egresado pueda desempeñarse en los distintos campos de acción de la Microbiología, aportando soluciones a las problemáticas de la industria, el medio ambiente y el sector agropecuario.